R Markdown y Quarto

Mariana Guerrero Osornio

Santiago Garcia Rios

Estadística General en R

Introducción

¿Qué es RMarkdownon?

Es una herramienta que permite hacer documentos dinámicos y reproducibles con R. Combina código, texto, datos y gráficas.

Se pueden realizar diferentes tareas:

  • Crear documentos en diferentes formatos: PDF, Word, HTML
  • Añadir y ejecutar código (bash, python, R, sql..)
  • Hacer presentaciones
  • Crear sitios webs
  • Hacer análisis y reportes estadísticos
  • Crear aplicaciones con shiny

Crear un archivo R Markdown

  • Abrir R > Archivo > Documento nuevo > R Markdown

Crear un archivo R Markdown

  • Se obtendrá el siguiente archivo:

Encabezado

Bloque de código

Texto

Edición del texto

  • Agregar encabezados: 
 Sintaxis
 
      Resultado
 
#Título

Título

 
## Título 2

Título 2

 
### Título 3

Título 3

Edición del texto

  • Maneras de modificar el texto:
        Sintaxis
 
         Resultado
 
*italica*, **bold**, ***ambas***
 italica, bold, ambas 
superíndice^2^ / subíndice~2~
 superíndice2/subíndice2 
~~tachado~~
 tachado 
<span style="color:blue">Hola!</span>
 Hola! 
<span style="font-size: 12.0pt;">Hola!
</span>
 Hola!

Generar listas

  • Se pueden combinar números, signos, letras y espacios
* lista1                         
    + uno                        
    + dos         
    
1. lista2                        
    i) sublista                  
         A.  sub-sublista
  • lista1
    • uno
    • dos
  1. lista2
    1. sublista
      1. sub-sublista

Generar tablas

  • Las columnas se separan con un tabulador y los encabezados con guíones
  • Los dos puntos especifican la alineación de las palabras
| Izquierda | Derecha | Default | Centrado |
|----------:|:--------|---------|:--------:|
|   12      |  12     |    12   |    12    |
|    1      |    1    |     1   |     1    |
Izquierda Derecha Default Centrado
12 12 12 12
1 1 1 1

Bloques de código

Son bloques de código que se pueden ejecutar. Se utilizan diferentes argumentos para configurar el comportamiento:

  • include = FALSE, código y los resultados no aparecen en el archivo final
  • echo = FALSE, el código no aparece pero los resultados sí
  • message = FALSE, evita que los mensajes generados en el código aparezcan
  • warning = FALSE, evita que aparezcan las advertencias
  • fig.cap = “…”, añade títulos a los gráficos

¿Qué es Quarto ?

Quarto es un sistema que también permite crear documentos interactivos usando texto, código y visualizaciones. Toma lo mejor de RMarkdown y Jupyter Notebook, para integrarlo en una herramienta.

Diferencias - Quarto vs RMarkdown

  • rmarkdown necesita el paquete install.packages("rmarkdown"), mientras que Quarto viene con RStudio
  • Quarto es multilingüe: R, Python, Javascript y Julia
  • Quarto es compatible con Knitr, Jupyter y Observable
  • Quarto crea archivos tipo HTML, PDF, MS Word, ePub, etc. sin librerías externas.
  • Quarto incorpora más formatos de forma nativa (websites, libros, blogs) mientras que rmarkdown necesita paquetes externos
  • Algunos paquetes todavía solo se encuentran en rmarkdown como los Tutoriales interactivos con learnr; Ver lista completa de paquetes y equivalencias entre los 2

Diferencias - Formatos

R Markdown (output)

title: "Documento html"
output:
  html_document:
    toc: true
    number_sections: true
    css: styles.css

Quarto (format)

title: "Documento html"
format:
  html:
    toc: true
    number-sections: true
    css: styles.css

Diferencias - Opciones de los Bloques de código

- en Rmarkdown se escriben las opciones en el la primera línea. En quarto se pueden escribir como comentarios: 

```{r, output: false}
library(ggplot2)

ggplot(airquality, aes(Temp, Ozone)) + 
  geom_point() + 
  geom_smooth(method = "loess", se = FALSE)
```
```{r}
#| output: false
#| code-overflow: wrap
#| code-line-numbers: "2|3|4|5"
#| fig-cap: "Air Quality"

library(ggplot2)
ggplot(airquality, aes(Temp, Ozone)) + 
  geom_point() + 
  geom_smooth(method = "loess", se = FALSE)
```

Análisis de datos

Ejecutar código

library(ggplot2)
ggplot(mtcars, aes(hp, mpg, color = am)) +
  geom_point() +
  geom_smooth(formula = y ~ x, method = "loess")

Ver más sobre Ejecución de código

Figuras + Datos

Se pueden pasar dataframes a funciones como kable o flextable para producir una table en markdown

knitr::kable(mtcars, caption = "Un título")
Un título
mpg cyl disp hp drat wt qsec vs am gear carb
Mazda RX4 21.0 6 160.0 110 3.90 2.620 16.46 0 1 4 4
Mazda RX4 Wag 21.0 6 160.0 110 3.90 2.875 17.02 0 1 4 4
Datsun 710 22.8 4 108.0 93 3.85 2.320 18.61 1 1 4 1
Hornet 4 Drive 21.4 6 258.0 110 3.08 3.215 19.44 1 0 3 1
Hornet Sportabout 18.7 8 360.0 175 3.15 3.440 17.02 0 0 3 2
Valiant 18.1 6 225.0 105 2.76 3.460 20.22 1 0 3 1
Duster 360 14.3 8 360.0 245 3.21 3.570 15.84 0 0 3 4
Merc 240D 24.4 4 146.7 62 3.69 3.190 20.00 1 0 4 2
Merc 230 22.8 4 140.8 95 3.92 3.150 22.90 1 0 4 2
Merc 280 19.2 6 167.6 123 3.92 3.440 18.30 1 0 4 4
Merc 280C 17.8 6 167.6 123 3.92 3.440 18.90 1 0 4 4
Merc 450SE 16.4 8 275.8 180 3.07 4.070 17.40 0 0 3 3
Merc 450SL 17.3 8 275.8 180 3.07 3.730 17.60 0 0 3 3
Merc 450SLC 15.2 8 275.8 180 3.07 3.780 18.00 0 0 3 3
Cadillac Fleetwood 10.4 8 472.0 205 2.93 5.250 17.98 0 0 3 4
Lincoln Continental 10.4 8 460.0 215 3.00 5.424 17.82 0 0 3 4
Chrysler Imperial 14.7 8 440.0 230 3.23 5.345 17.42 0 0 3 4
Fiat 128 32.4 4 78.7 66 4.08 2.200 19.47 1 1 4 1
Honda Civic 30.4 4 75.7 52 4.93 1.615 18.52 1 1 4 2
Toyota Corolla 33.9 4 71.1 65 4.22 1.835 19.90 1 1 4 1
Toyota Corona 21.5 4 120.1 97 3.70 2.465 20.01 1 0 3 1
Dodge Challenger 15.5 8 318.0 150 2.76 3.520 16.87 0 0 3 2
AMC Javelin 15.2 8 304.0 150 3.15 3.435 17.30 0 0 3 2
Camaro Z28 13.3 8 350.0 245 3.73 3.840 15.41 0 0 3 4
Pontiac Firebird 19.2 8 400.0 175 3.08 3.845 17.05 0 0 3 2
Fiat X1-9 27.3 4 79.0 66 4.08 1.935 18.90 1 1 4 1
Porsche 914-2 26.0 4 120.3 91 4.43 2.140 16.70 0 1 5 2
Lotus Europa 30.4 4 95.1 113 3.77 1.513 16.90 1 1 5 2
Ford Pantera L 15.8 8 351.0 264 4.22 3.170 14.50 0 1 5 4
Ferrari Dino 19.7 6 145.0 175 3.62 2.770 15.50 0 1 5 6
Maserati Bora 15.0 8 301.0 335 3.54 3.570 14.60 0 1 5 8
Volvo 142E 21.4 4 121.0 109 4.11 2.780 18.60 1 1 4 2

Agregar argumentos a los Bloques de código (ver Section 2.11)

  • fig.align: Alinear figura. Los valores pueden ser: “default”, “center”, “left”, o “right”?
  • fig.cap: Pie de figura. Por ejemplo “Gráfica muy padre”
  • fig.height y fig.width

Más información: Tabsets

Integrar ressultados del código en el reporte

library(tidyverse)
library(palmerpenguins)

#filtrar datos
penguin_filter <- penguins |>
  filter(species == params$species, # param species: Adelie en YAML
    !is.na(body_mass_g))
# datos_originales - datos_filtrados
filas_distintas <- nrow(penguins) - nrow(penguin_filter)

inline code `r `

Tenemos datos de 'r nrow(penguins)' pinguinos. Solo
'r filas_distintas' están catalogados como 'r params$species'.
  • Tenemos datos de 344 pinguinos. Solo 193 están catalogados como Adelie.

Gráficos Interactivos

Más información: widgets y htmlwidgets

Plotly

library(dplyr)
library(plotly)

my_df <- starwars |> filter(mass < 500) 

plot_ly(my_df, x = my_df$height, y = my_df$mass, 
        text = my_df$name, # Ver el nombre
        mode = "markers", color = my_df$gender)

Más información: Plotly

Gráficos 3-D

x <- seq_len(nrow(volcano)) + 100
y <- seq_len(ncol(volcano)) + 500

plot_ly() %>% 
  add_surface(x = ~x, y = ~y, z = ~volcano)

Información topográfica del volcán Maunga Whau

Animaciones

Más información

Tablas dinámicas

Librería DT

Aplicaciones con Shiny

La librería Shiny permite crear aplicaciones con R. Quarto puede correr estas aplicaciones en sus documentos o incrustar las aplicaciones por medio de iFrames (“cargar una página dentro de otra página”).

Más sobre Shiny.

Galería de Shiny apps.

Mastering Shiny.

Formatos

format:
  html:
    css: styles.css
    html-math-method: katex

Múltiples formatos en un documento

format:
  html:
    css: styles.css
    html-math-method: katex
  pdf:
    documentclass: report
    margin-left: 30mm
    margin-right: 30mm

Todos los Formatos

html y pdf

A screenshot of a HTML article about Boston Terriers, the document has an image in the right hard margin, a floating table of contents, and different sections split up by headers

HTML

A screenshot of a PDF article about Boston Terriers, the document has an image in the right hard margin, a floating table of contents, and different sections split up by headers

PDF

formatos para artículos

----
title: "A Short Demo Article"
format:
    jss-pdf: default
    jss-html: default
author:
  - name: Achim Zeileis
    affiliations:
      - name: Universität Innsbruck
        department: Department of Statistics
        address: Universitätsstr. 15
        city: Innsbruck
        country: Austria
        postal-code: 6020
      - Journal of Statistical Software
    orcid: 0000-0003-0918-3766
    email: Achim.Zeileis@R-project.org
    url: https://www.zeileis.org/
abstract: |
bibliography: bibliography.bib 
---

Formatos para revistas de Elsevier, PLOS, Nature…

Screenshot of a rendered Quarto document to the Journal of Statistical Science format.

Información y formatos disponibles

Artículos y reportes

Más ejemplos

Presentaciones

Más ejemplos

Páginas web

Más ejemplos

libros

Más ejemplos

Otros

Citas

  • Insertar con Insert > Citation.
  • Insertar con DOI, referencia de librería de Zotero, Pubmed ID u obtener referencias de un archivo .bib en el mismo directorio de nuestro documento.
  • Se crea un archivo de tipo .bib donde se añaden las referencias.
  • Al renderizar el ducmento, se ponen las referencias al final del documento.

Más sobre citas

Latex

Modelos lineales

# Modelado
lm_diamantes <- lm(quilate ~ corte, data = datos_diamantes) 
lmer_diamantes <- lmer(quilate ~ corte + (1 | precio), data = datos_diamantes)

# Extraer ecuaciones
lm_latex <- equatiomatic::extract_eq(lm_diamantes)
lmer_latex <- equatiomatic::extract_eq(lmer_diamantes)

Output

\[ \operatorname{quilate} = \alpha + \beta_{1}(\operatorname{corte}_{\operatorname{.L}}) + \beta_{2}(\operatorname{corte}_{\operatorname{.Q}}) + \beta_{3}(\operatorname{corte}_{\operatorname{.C}}) + \beta_{4}(\operatorname{corte}_{\operatorname{\texttt{^}4}}) + \epsilon \]

\[ \begin{aligned} \operatorname{quilate}_{i} &\sim N \left(\mu, \sigma^2 \right) \\ \mu &=\alpha_{j[i]} + \beta_{1}(\operatorname{corte}_{\operatorname{.L}}) + \beta_{2}(\operatorname{corte}_{\operatorname{.Q}}) + \beta_{3}(\operatorname{corte}_{\operatorname{.C}}) + \beta_{4}(\operatorname{corte}_{\operatorname{\texttt{^}4}}) \\ \alpha_{j} &\sim N \left(\mu_{\alpha_{j}}, \sigma^2_{\alpha_{j}} \right) \text{, for precio j = 1,} \dots \text{,J} \end{aligned} \]

iframes

Ver código de la presentación